產(chǎn)品介紹
產(chǎn)品簡(jiǎn)介
擴(kuò)增子測(cè)序，即對(duì)特定長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物或者捕獲的片段進(jìn)行測(cè)序，主要包括16S rDNA測(cè)序、18S rDNA測(cè)序及ITS測(cè)序等。擴(kuò)增子測(cè)序通常是選擇某個(gè)或某幾個(gè)變異區(qū)域，利用保守區(qū)設(shè)計(jì)通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后對(duì)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序分析和菌種鑒定，具有所需樣本量少、高通量和高精確性等特點(diǎn)。
數(shù)據(jù)分析策略
1.從測(cè)序所得的原始數(shù)據(jù)出發(fā)，首先對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，得到有效數(shù)據(jù)（Clean Data）；
2.基于有效數(shù)據(jù)進(jìn)行OTUs（Operational Taxonomic Units）聚類(lèi)；
3.根據(jù)OTUs聚類(lèi)結(jié)果，一方面對(duì)每個(gè)OTU的代表序列做物種注釋?zhuān)玫綄?duì)應(yīng)的物種信息，另一方面將各個(gè)樣品的有效數(shù)據(jù)，和代表序列進(jìn)行比對(duì)，獲得對(duì)應(yīng)OTU在各個(gè)樣品中的豐度分布情況；
4.基于構(gòu)建好的OTU豐度表，獲得不同分類(lèi)層級(jí)的物種豐度表；
5.基于OTU豐度表及不同分類(lèi)層級(jí)的豐度表，進(jìn)行樣品微生物群落組成分析；
6.基于OTU豐度表及不同分類(lèi)層級(jí)的豐度表，進(jìn)行Alpha多樣性和Beta多樣性分析；
7.根據(jù)研究需求，可選擇高級(jí)分析，深入挖掘樣品中的物種組成和差異。
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
| 分析類(lèi)別 | 分析內(nèi)容 | |
| 樣品微生物群落組成分析 | 樣品菌落組成柱狀圖 | |
| Heatmap圖 | ||
| 樣品間OTU分布Venn圖 | ||
| Alpha diversity分析 | 多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì) | |
| 稀釋曲線(xiàn)（Rarefaction Curve） | 多樣性組間差異 | |
| Chao1曲線(xiàn) | ||
| Shannon-Wiener 曲線(xiàn) | LEfSe分析 | |
| Rank-Abundance 曲線(xiàn) | ||
| Beta diversity分析 | 樣品間相似性指數(shù) | |
| PCoA分析 | ||
| 樣品聚類(lèi)分析 | ||
| 高級(jí)分析菜單 | RDA/CCA 分析 | NMDS分析 |
| 關(guān)聯(lián)分析 | Network分析 | |
| PICRUSt?分析 | 隨機(jī)森林分析 | |
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